Penambahan sumber karbon dihitung berdasarkan jumlah limbah nitrogen yang tidak dimanfaatkan oleh ikan. Karbon organik biasanya digunakan sekitar 30% dan sumber alkalinitas sekitar 10% dari jumlah pakan.

Adapun contoh sumber karbon antara lain:

• Gula pasir
• Molase
• Dedak
• Tepung Terigu
• Tepung Tapioka
• Onggok Tapioka

Sumber Karbon Anorganik contohnya seperti:

• Bikarbonat (soda kue), untuk bakteri nitrifikasi dan bakteri pembentuk flok
• Karbondioksida, untuk fitoplankton