Penambahan sumber karbon dihitung berdasarkan jumlah limbah nitrogen yang tidak dimanfaatkan oleh ikan. Karbon organik biasanya digunakan sekitar 30% dan sumber alkalinitas sekitar 10% dari jumlah pakan.
Adapun contoh sumber karbon antara lain:
- Gula pasir
- Molase
- Dedak
- Tepung Terigu
- Tepung Tapioka
- Onggok Tapioka
Sumber Karbon Anorganik contohnya seperti:
- Bikarbonat (soda kue), untuk bakteri nitrifikasi dan bakteri pembentuk flok
- Karbondioksida, untuk fitoplankton