Semua sistem budidaya memiliki kekuatan dan kelemahan 

1. Kelemahan Sistem Bioflok :

• Biaya tambahan untuk aerasi (peralatan dan energi) dan sumber karbon.
• Pemadanan listrik dapat menimbulkan masalah
• Kondisi bisa berbeda antara satu lokasi dengan lokasi lainnya, jadi perlu dicoba dan diamati sesuai dengan kondisi di lingkungan sendiri -> Tidak bisa instan.

2. Perlunya Monitoring yang cermat :

• Dalam perubahan kondisi ikan harus kita amati baik dalam gerak-gerik ikan maupun nafsu makannya
• Perubahan kondisi mikroba, kita harus selalu amati baik perubahan warna maupun bau air
• Perubahan kondisi air, kita harus cermat dalam pengukuran kualitas air yang rutin.