Semua sistem budidaya memiliki kekuatan dan kelemahan
1. Kelemahan Sistem Bioflok :
- Biaya tambahan untuk aerasi (peralatan dan energi) dan sumber karbon.
- Pemadanan listrik dapat menimbulkan masalah
- Kondisi bisa berbeda antara satu lokasi dengan lokasi lainnya, jadi perlu dicoba dan diamati sesuai dengan kondisi di lingkungan sendiri -> Tidak bisa instan.
2. Perlunya Monitoring yang cermat :
- Dalam perubahan kondisi ikan harus kita amati baik dalam gerak-gerik ikan maupun nafsu makannya
- Perubahan kondisi mikroba, kita harus selalu amati baik perubahan warna maupun bau air
- Perubahan kondisi air, kita harus cermat dalam pengukuran kualitas air yang rutin.